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Hdr of

Cédric Lhoussaine

Friday 13 December 2013
Amphi Turing, Bât M3 - LIFL

Concurrent Programming Languages Approaches to Biological Modeling

Garant de l’habilitation :Joachim Niehren

Rapporteurs : Vincent Danos, Olivier Danvy et François Fages

Membres :Vincent Danos, Olivier Danvy, François Fages, Joachim Niehren, Hélène Touzet

Dans ce mémoire sont présentés les principaux travaux que j’ai réalisés depuis la fin de ma thèse. Ceux-ci portent sur le développement, par des méthodes formelles, de langages de programmation concurrente dédiée à la modélisation en biologie. En particulier, ce sont le traitement des aspects stochastiques et la représentation de la structure spatiale de l’environnement biologique qui sont principalement abordés. Des extensions du π-calcul stochastique ont d’abord été proposés pour, non seulement améliorer la convivialité du langage dans la pratique de modélisation, mais aussi pour exprimer de façon uniforme les notions de compartiments cellulaires et de phénomènes de diffusions moléculaires. Ces concepts ont ensuite été utilisés pour concevoir le nouveau langage à base de règles React(C). Plus proche de l’intuition biologique, React(C) nous a permis de réconcilier l’expressivité des approches object-centrées à la pi-calcul et les approches inspirées des réactions chimiques. Deux cas d’étude de modélisation biologique ont en particulier émaillé et inspiré ces travaux : la modélisation de l’atténuation de la transcription de l’opéron tryptophane, et celle de l’effet de communauté

Ours

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