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Thèse de

Antoine Thomas

vendredi 18 juillet 2014
Amphithéâtre de l'IRCICA

Scénarios de réarrangement avec marqueurs génomiques dupliqués

Directeur de Thèse : François Boulier Rapporteurs :David Sankoff, ,Eric Tannier Membres :Joachim Niehren, Sophia Yancopoulos

La compréhension de la dynamique des réarrangements génomiques est une problématique importante en phylogénie.

La phylogénie est l'étude de l'évolution des espèces. Un but majeur est d'établir les relations d'évolution au sein d'un groupe d'espèces, pour déterminer la topologie de l'arbre d'évolution formé par ce groupe et des ancêtres communs à certains sous-ensembles.

Pour ce faire, il est naturellement très utile de disposer d'un moyen d'évaluer les distances évolutionnaires relatives entre des espèces, ou encore d'être capable d'inférer à un groupe d'espèces le génome d'un ancêtre commun à celles-ci.

Ce travail de thèse, dans la lignée d'autres travaux, consiste à élaborer de tels moyens, ici dans des cas particuliers où les génomes possèdent des gènes en multiples copies, ce qui complique les choses.

Plusieurs hypothèse explicatives de la présence de duplications ont été considérées, des formules de distance ainsi que des algorithmes de calcul de scénarios ont été élaborés, accompagnés de preuves de complexité.

Ours

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