Il existe de nombreuses façons de modéliser les réseaux de régulation de gènes. L'une des approches possibles consiste à les représenter par des systèmes de réactions chimiques généralisés. Ces systèmes peuvent être munis de différentes dynamiques. Dans l'équipe, nous nous sommes concentrés sur la dynamique déterministe (temps et espace continus, détermination déterministe) et la dynamique stochastique (temps continu, espace discret et détermination stochastique).

Le visiteur intéressé trouvera davantage de précisions dans cet article invité, publié dans les actes de la conférence CASC 2011.

Résultats théoriques

Dans le domaine déterministe, l'équipe a mis au point une nouvelle méthode d'approximation d'état quasi-stationnaire. Dans le domaine stochastique, nous travaillons à la mise au point de formules qui donnent l'évolution des moments statistiques des variables aléatoires qui comptent les molécules.

Logiciels

Nous avons réalisé le paquetage MAPLE MABSys, dédié aux modèles déterministes. Le projet FreeMABSys consiste à en réaliser une nouvelle version, libre. Il est soutenu par le projet ANR BLANC LEDA. Dans le domaine stochastique, nous travaillons sur un paquetage MAPLE, en collaboration avec l'équipe BioComputing.

Rayonnement

Nous sommes co-organisateurs d'un séminaire à Dagstuhl, prévu pour novembre 2012, en collaboration avec Andreas Weber, Thomas Sturm et Anne Shiu.