Algorithmique, combinatoire du texte et
applications en bio-informatique
26, 27 et 28 septembre 2007 - Marne-la-Vallée
Cette réunion est organisée conjointement par le GDR Bio-Informatique Moléculaire (groupe Analyse de séquences) et le GDR Informatique Mathématique (groupe Combinatoire des mots, algorithmique du texte et du génome). Les thèmes abordés vont de la combinatoire et de l'algorithmique du texte aux applications avancées en bio-informatique et en biologie. C'est également l'occasion de célebrer l'émeritat de Maxime Crochemore.
[ Toutes les informations à imprimer avant de partir ]
| 10h | Accueil |
| 11h | Validation et génération de tableaux de Knuth-Morris-Pratt. Jean-Pierre Duval, Thierry Lecroq et Arnaud Lefebvre [PDF] |
| 11h40 | Text fingerprinting. Matthieu Raffinot [PDF] |
| 12h20 | Déjeuner à l'ESIEE |
| 14h00 | Mise à jour incrémentale de tableau des suffixes en cours de recodage. Pierre Peterlongo [abstract] |
| 14h40 | Énumeration et caractérisation des arbres compacts des suffixes. Nicolas Philippe, Thierry Lecroq [PDF] |
| 15h20 | Algorithmes rapides de recherche d'un motif approché par minimisation des erreurs ou par maximisation des identités dans des fenêtres minimales. Anthony Mathelier [PDF] |
| 16h | Pause |
| 16h30 | Représentation par jeu du chaos de séquences d'ADN. Thibaut Henin [abstract] |
| 17h10 | Mes histoires d'amour avec les travaux de Maxime Crochemore. Gregory Kucherov [PDF] |
| 18h10 | Pot en l'honneur de Maxime Crochemore offert par l'Institut Gaspard Monge |
| 9h15 | Analyse de la compression par anti-dictionnaire. Julien Fayolle [PDF] |
| 9h55 | On dictionary-symbolwise compressors. Filippo Mignosi [abstract] |
| 10h35 | Pause |
| 11h05 | Subset Seed Automaton. Laurent Noé [PDF] |
| 11h45 | On the substring cover problem. Stéphane Vialette [abstract] |
| 12h25 | Déjeuner à l'ESIEE |
| 14h00 | Notion de Pattern Markov Chain (PMC) et application à l'étude de la distribution d'un motif dans une chaînes de Markov.Grégory Nuel [PDF] |
| 14h40 | Statistique de motifs dans des séquences hétérogènes. Etienne Roquain [PDF] |
| 15h20 | Calcul de P-valeur efficace et exact pour un motif PWM. Jean-Stéphane Varré [PDF] |
| 16h00 | Pause |
| 16h30 | P-value Calculation for Heterotypic Clusters and its Use in Computational Annotation of Regulatory Sites. Valentina Boeva [PDF] |
| 17h10 | Mes histoires d'amour avec les travaux de Maxime Crochemore II. Marie-Pierre Béal [PDF] et Dominique Perrin [PDF] |
| 9h15 | ISHAPE : new rapid and accurate software for haplotyping. Olivier Delaneau [PDF] |
| 9h55 | Using Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats in micro-evolution studies. Ibtissem Grissa, Gilles Vergnaud et Christine Pourcel [PDF] |
| 10h35 | Pause |
| 11h05 | Approche pseudo-booléenne pour le calcul de distance entre génomes avec duplications. Sébastien Angibaud [PDF] |
| 11h45 | Variable Length Stochastic Acyclic Automata Applied for Multilocus Association Mapping in SNP Data Analyses. Tran Trang [PDF] |
| 12h25 | Fin des journées |
Les journées se tiendront dans les locaux de l'Institut Gaspard Monge: amphitheatre Maurice Gross, batiment Copernic, sur le campus de l'Université Marne-la-Vallée. Le campus est desservi par le RER A, station Noisy-Champs.
[ plan d'accès]
Pour l'hébergement, les hotels Ibis Champs sur Marne et Formule 1 Marne-la-Vallée se trouvent à proximité immédiate. Il est egalement possible de loger sur Paris.
Les participants qui le désirent peuvent éventuellement bénéficier d'une subvention pour la prise en charge de leur mission, au cas par cas. Merci d'adresser votre demande à sequences@lifl.fr.
Les inscriptions sont closes depuis le 7 septembre.