Algorithmique, combinatoire du texte et
applications en bio-informatique

26, 27 et 28 septembre 2007 - Marne-la-Vallée


Cette réunion est organisée conjointement par le GDR Bio-Informatique Moléculaire (groupe Analyse de séquences) et le GDR Informatique Mathématique (groupe Combinatoire des mots, algorithmique du texte et du génome). Les thèmes abordés vont de la combinatoire et de l'algorithmique du texte aux applications avancées en bio-informatique et en biologie. C'est également l'occasion de célebrer l'émeritat de Maxime Crochemore.

[ Toutes les informations à imprimer avant de partir ]

Programme

Mercredi 26 septembre

10hAccueil
11hValidation et génération de tableaux de Knuth-Morris-Pratt. Jean-Pierre Duval, Thierry Lecroq et Arnaud Lefebvre [PDF]
11h40Text fingerprinting. Matthieu Raffinot [PDF]
12h20Déjeuner à l'ESIEE
14h00Mise à jour incrémentale de tableau des suffixes en cours de recodage. Pierre Peterlongo [abstract]
14h40Énumeration et caractérisation des arbres compacts des suffixes. Nicolas Philippe, Thierry Lecroq [PDF]
15h20Algorithmes rapides de recherche d'un motif approché par minimisation des erreurs ou par maximisation des identités dans des fenêtres minimales. Anthony Mathelier [PDF]
16hPause
16h30Représentation par jeu du chaos de séquences d'ADN. Thibaut Henin [abstract]
17h10Mes histoires d'amour avec les travaux de Maxime Crochemore. Gregory Kucherov [PDF]
18h10Pot en l'honneur de Maxime Crochemore offert par l'Institut Gaspard Monge

Jeudi 27 septembre

9h15Analyse de la compression par anti-dictionnaire. Julien Fayolle [PDF]
9h55On dictionary-symbolwise compressors. Filippo Mignosi [abstract]
10h35Pause
11h05Subset Seed Automaton. Laurent Noé [PDF]
11h45On the substring cover problem. Stéphane Vialette [abstract]
12h25Déjeuner à l'ESIEE
14h00Notion de Pattern Markov Chain (PMC) et application à l'étude de la distribution d'un motif dans une chaînes de Markov.Grégory Nuel [PDF]
14h40Statistique de motifs dans des séquences hétérogènes. Etienne Roquain [PDF]
15h20Calcul de P-valeur efficace et exact pour un motif PWM. Jean-Stéphane Varré [PDF]
16h00Pause
16h30P-value Calculation for Heterotypic Clusters and its Use in Computational Annotation of Regulatory Sites. Valentina Boeva [PDF]
17h10Mes histoires d'amour avec les travaux de Maxime Crochemore II. Marie-Pierre Béal [PDF] et Dominique Perrin [PDF]

Vendredi 28 septembre

9h15ISHAPE : new rapid and accurate software for haplotyping. Olivier Delaneau [PDF]
9h55Using Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats in micro-evolution studies. Ibtissem Grissa, Gilles Vergnaud et Christine Pourcel [PDF]
10h35Pause
11h05Approche pseudo-booléenne pour le calcul de distance entre génomes avec duplications. Sébastien Angibaud [PDF]
11h45Variable Length Stochastic Acyclic Automata Applied for Multilocus Association Mapping in SNP Data Analyses. Tran Trang [PDF]
12h25Fin des journées

Informations pratiques

Les journées se tiendront dans les locaux de l'Institut Gaspard Monge: amphitheatre Maurice Gross, batiment Copernic, sur le campus de l'Université Marne-la-Vallée. Le campus est desservi par le RER A, station Noisy-Champs.

[ plan d'accès]

Pour l'hébergement, les hotels Ibis Champs sur Marne et Formule 1 Marne-la-Vallée se trouvent à proximité immédiate. Il est egalement possible de loger sur Paris.

Les participants qui le désirent peuvent éventuellement bénéficier d'une subvention pour la prise en charge de leur mission, au cas par cas. Merci d'adresser votre demande à sequences@lifl.fr.

Participants

Les inscriptions sont closes depuis le 7 septembre.