Cours du Master Recherche Informatique en Bio-informatique

Planning

Les jeudis matin de 8h45 à 10h15 en amphi Turing.

1. 24 septembre 2009 : Maude Pupin, Introduction à la biologie
2. 1er octobre 2009 : Maude Pupin, Introduction à la génomique
3. 8 octobre 2009 : Laurent Noé, Arbre des suffixes
4. 15 octobre 2009 : Laurent Noé, Alignement, Graines pour l'alignement
5. 25 octobre 2009 : Laurent Noé, Nouvelles générations de séquenceurs, exemple de SOLiD
6. 29 octobre 2009 : Hélène Touzet, ARN non-codants
7. 5 novembre 2009 : Hélène Touzet, motifs biologiques
8. 12 novembre 2009 : Maude Pupin, Comparaison de graphes et peptides non-ribosomiaux
9. 19 novembre 2009 : Hélène Touzet, TP
10. 3 décembre 2009 : analyse d'articles scientifiques

Analyse d'articles

Le cours s'accompagne d'une analyse biobliographique, avec l'étude d'un article de recherche lié aux sujets vus en cours. L'exposé est noté et la note prise en compte dans la notation du module. Figure le nom de la personne ayant proposé l'article si vous avez des questions.

• Designing Secondary Structure Profiles for Fast ncRNA Identification. Yanni Sun, Jeremy Buhler, Computational Systems Bioinformatics 2008 [PDF] (H. Touzet)
• Faster genome annotation of non-coding RNA families without loss of accuracy, Z. Weinberg and W.L. Ruzzo (2004), Proc. Eighth Annual Inter. Conf. on Computational Molecular Biology (RECOMB), p. 243-251. [PDF] (H. Touzet) -- Ridha Jadla
• PerM: Efficient Mapping of Short Sequencing Reads with Periodic Full Sensitive Spaced Seeds. Yangho Chen, Tade Souaiaia, and Ting Chen, Bioinformatics 2009 [PDF,PDF] (L. Noé) -- Nicolas Gouvy
• Linearized Suffix Tree: an Efficient Index Data Structure with the Capabilities of Suffix Trees and Suffix Arrays. Dong Kyue Kim, Minhwan Kim and Heejin Park, Algorithmica 2008 [PDF] (L. Noé) -- Antoine Thomas
• Multiple Alignment of Biological Networks: A Flexible Approach. Yves-Pol Deniélou, Frédéric Boyer, Alain Viari, Marie-France Sagot, CPM 2009: 263-273 [PDF] (M. Pupin) -- Pamela Wattebled
• Simple and fast alignment of metabolic pathways by exploiting local diversity. Sebastian Wernicke and Florian Rasche, Bioinformatics 2007 23(15):1978-1985 [PDF] (M. Pupin) -- Adel Noureddine
• A Unifying View of Genome Rearrangements. Anne Bergeron, Julia Mixtacki, Jens Stoye, In Proceedings of WABI 2006, LNBI 4175 p. 164-173 [PDF] (J.-S. Varré) -- Omar Rihawi

Sujets de stages

• Comparaison multiple de graphes appliquée aux peptides non-ribosomiaux
• Inférence de modèles pour la recherche de motifs ARN
• Scénarios de réarrangement avec duplications en tandem