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Position actuelle

Après ma thèse, j'ai effectué mon post-doctorat au sein de PDBe (Protein Data Bank Europe) de l'EBI (European Bioinformatic Institute), Cambridge (Royaume-unis). Je suis actuellement ATER à l'Université Lille1.

Cursus

Après l'obtention d'un DEUG Sciences et Vie, à l'Université Jean Perrin de Lens, j'ai intégré l'IUP Génie Biologique et Informatique d'Evry. Cet IUP offre une formation de tois ans, équilibrée entre enseignement théorique et pratique.Elle permet également d'obtenir une double compétence en biologie et bioinformatique [programme des enseignements]. Cette formation m'a permis d'effectuer des stages dans les domaines de la biologie et de la bioinformatique. J'ai ensuite intégré le Master Recherche Informatique et Mathématiques pour la Biologie Intégrative de l'université d'Evry Val d'essonne.

Curriculum Vitae [pdf]

Thèse

J'ai soutenu ma thèse le 8 septembre 2009 ( mémoire, soutenance ).

Jury:
  • Directeur de thèse: Gregory Kucherov (LIFL, France)
  • Encadrante: Maude Pupin (LIFL, France)
  • Encadrante: Valérie Leclère (ProBioGEM, France)
  • Rapporteur: Marie-Dominique Devignes (LORIA, France)
  • Rapporteur: Pierre Cornelis (VIB, Belgique)
  • Examinateur: Bernard Wathelet (UCBI, Belgique)
  • Examinateur: Daslav Hranueli (PBF, Croatie)
  • Président: Philippe Jacques (ProBioGEM, France)
Résumé: Les peptides non-ribosomiaux sont des molécules produites par les micro-organismes et présentant un large éventail d'activités biologiques et pharmaceutiques. Par exemple, ils peuvent présenter des activités antibiotiques, immuno-modulatrices ou anti-tumorales. Ces peptides sont synthétisés par de grands complexes multi-enzymatiques, appelés synthétases ou NRPS (NonRibosomal Peptide Synthetases). Deux traits caractéristiques distinguent ces peptides des peptides ribosomiaux classiques : le premier est que leur structure primaire n'est pas toujours linéaire mais peut être totalement ou partiellement cyclique, branchée voir même poly-cyclique, et le second est la diversité des monomères incorporés au sein de ces peptides qui dépasse largement les vingt acides aminés protéogéniques. Nous avons développé Norine, la première ressource publique entièrement dédiée aux peptides non-ribosomiaux. Norine contient actuellement plus de 1000 peptides, modélisés par des graphes étiquetés non-orientés, ainsi que des outils informatiques permettant leur analyse, comme la comparaison de compositions en monomères, la recherche de motifs structuraux ou la recherche par similarité. Des analyses statistiques sur les données contenues dans Norine ont permis de mettre en évidence des caractéristiques biologiques intéressantes comme la spécificité des monomères en fonction de l'activité biologique qui nous a conduit à l'élaboration d'un outil d'aide à la prédiction de la fonction biologique d'un peptide à partir de sa composition monomérique. En trois ans, Norine est devenue la ressource internationale pour les peptides non-ribosomiaux.

J'ai effectué ma thèse (co-financemant INRIA/Région) au sein de l'équipe BioInfo (INRIA Sequoia) du LIFL et du laboratoire ProBioGEM.

Enseignement

J'ai effectué 267 heures d'enseignement au sein de différentes formations de l'Université de Lille1:
  • Algorithmique et Programmation Impérative 1 : TD (18h), TDM (18h) et colles (12h) en Licence LST A S2 en 2010 -- 2011
  • Initiation à la programmation : TD (24h) et TDM (24h) en Licence LST A S1 en 2010 -- 2011
  • Algorithmique : CTD (36h) et TDM (18h) en License - S3Harmonisation en 2010 -- 2011
  • Bioinformatique : C (8h) et TDM (16h) en Master AG - Transform., Valo Indus des Agro-Res. en 2010 -- 2011
  • Bioinformatique: TD en M1 d'IUP Génomique et Protéomique, 24 heures en 2007--2008 et 20 heures 2008--2009
  • Option Bioinformatique: TD en L3 et M1 Informatique, 10 heures en 2006--2007 et 10 heures en 2007--2008
  • Bases de données avancées: TD en L3 et M1 Informatique, 10 heures en 2008--2009

Publications internationales

  • PDBe: Protein Data Bank in Europe
    Velankar S. et al.
    Nucleic Acids Research - Database issue, 2011, 39:D402-10 ( abstract )

  • Diversity of monomers in nonribosomal peptides: towards the prediction of origin and biological activity
    Caboche S; Leclere V; Pupin M; Kucherov G; Jacques P
    Journal of Bacteriology 2010; Oct:192(19):5143-50 (abstract)

  • Structural pattern matching of nonribosomal peptides
    Caboche S; Pupin M; Leclere V; Jacques P; Kucherov G
    BMC Structural Biology 2009; 9(1):15. (abstact)

  • NORINE: a database of nonribosomal peptides
    Caboche S; Pupin M; Leclere V; Fontaine A; Jacques P; Kucherov G
    Nucleic Acids Research - Database issue, 2008, 36:D326-31 (abstract,PDF)

Publications nationales

  • La synthèse peptidique non-ribosomiale, source de biodiversité de composés actifs
    Jacques P; Gancel F; Chollet-Imbert M; Guez JS; Béchet M; Caboche S; Coucheney F; Coutte F; Tapi A; Leclère V
    SFM letter, 2007

Communications d'audience internationale avec comité de sélection

  • Bioinformatics tools to decrypt NonRibosomal Peptide diversity in Bacilli
    Leclère V, Pupin M, Hussein W, B´chet M, Gancel F, Chollet M, Caboche S and Jacques P
    BACELL, Gottingen (Germany), 2010

  • Novel approaches to isolate antimicrobial peptides using bioinformatics and molecular tools
    Jacques P; Froidevaux R; Chollet-Imbert M; Tapi A; Caboche S; Pupin M; Kucherov G; Dhulster P; Le Flem G; Vercaigne-Marko D; Leclère V
    Second International Symposium on Antimicrobial Peptides, Saint Malo (France) 2009, communication

  • Relationships between producing organisms, activities and monomers incorporated into NRPS peptides
    Leclère V; Caboche S; Pupin M; Kucherov G; Jacques P
    FEMS, congress of european microbiologists, Gothenburg (Sweden), 2009, communication et poster

Communications d'audience nationale avec comité de sélection

  • La synthèse non-ribosomiale chez les actinomycètes
    Leclère V, Tonon L, Caboche S, Pupin M and Jacques P
    Journées Actinomycètes, Paris (France), 2010

  • Database and comparison of non ribosomal peptides
    Caboche S, Leclère V, Jacques P, Pupin M and Kucherov G
    JOBIM 2006, (Bordeaux, France)(PDF, présentation)

Séminaires invités

  • Norine : a public ressource dedicated to nonribosomal peptides
    Caboche S,
    Séminaire Invité, Genome Campus, Cambridge (UK), 2010, communication.

  • Generation of 2D diagrams for visualizing protein/ligand interactions
    Caboche S
    Séminaire Invité, LIFL, Lille, 2010, communication.

Posters

  • Discovery and annotation strategies of nonribosomal peptide synthetases from bacterial genomes
    Saci Z, Pupin M, Deravel J, Krier F, Caboche S, Jacques P and Leclère
    European Congress on Computational Biology (ECCB), Gent (Belgium), 2010.

  • Stratégie de recherche et d'annotations de nouvelles synthétases non-ribosomiales à partir génomes bactériens
    Saci Z, Pupin M, Deravel J, Krier F, Caboche S, Jacques P and Leclère V
    JOBIM, Montpellier (France), 2010.

  • Statistical approach of monomer diversity in non ribosomal peptides
    Caboche S, Leclère, Pupin M, Kucherov G and Jacques P
    Systems Biology of Microorganisms Conference, Paris (France), 2010.

  • Relationships between producing organisms, activities and monomers incorporated into NRPS peptides
    Leclère V, Caboche S, Pupin M, Kucherov G and Jacques P
    FEMS, congress of european microbiologists, Gothenburg (Sweden), 2009.

  • Norine: database and efficient algorithms dedicated to nonribosomal peptides
    Caboche S; Pupin M; Leclere V; Jacques P; Kucherov G
    ECCB 2008, Cagliari (Ilatly) 2008, poster

  • Norine: a public resource of nonribosomal peptides
    Caboche S; Pupin M; Leclere V; Jacques P; Kucherov G
    EMBnet Conference 2008, Martina Franca (Italy) 2008, poster

  • Norine: a platform dedicated to nonribosomal peptides
    Caboche S; Pupin M; Leclere V; Jacques P; Kucherov G
    JOBIM 2008 (Lille, France), poster

  • Norine: une nouvelle base de données qui met en exergue la biodiversité des structures et des activités des peptides synthétisés par la voie non-ribosomale (NRPS)
    Caboche S, Leclère V, Pupin M, Kucherov G and Jacques P
    Poster 7ième congrés de la Société Francaise de Microbiologie, Nantes, 2007
    Prix du meilleur Poster (sur plus de 300 posters)

  • NORINE: a recent database highlighting a large biodiversity among NRPS peptide structures and activities
    Leclère V, Caboche S, Pupin M, Kucherov G and Jacques P.
    RSC conference, Chemical Biology: directing biosynthesis, 2006 (PDF)

Contact

LIFL - Extension batiment M3
Cité Scientifique
Université des Sciences et Technologies de Lille
F-59655 Villeneuve d'Ascq Cedex
mail : segolene.caboche{AT}lifl.fr
Mise à jour le 20/01/11