Visualisation du suivi de clones VDJ

Contexte

La leucémie aigue lymphoblastique (ALL, Acute Lymphoblastic Leukemia) est un cancer liquide touchant principalement les enfants. Le diagnostic de ALL demande d'analyser les lymphoblastes et les lymphocytes, en dénombrant ces cellules selon leur réarrangement VDJ, réarrangement donnant des milliards de possibilités différentes à partir d'un répertoire de quelques gènes. Lorsque plusieurs cellules partagent un même réarrangement VDJ, on parle de cellules clones ou clones. Les patients sont suivis tout au long de leur traitement, des prélèvements sanguins sont effectués à intervalles réguliers afin d'identifier toute rechute. La méthode utilisée pour le suivi consiste à évaluer la concentration des lymphoblastes possédant le même réarrangement VDJ que lors du diagnostic.

Problématique

Ce projet s'inscrit dans une collaboration entre l'équipe Bonsai du LIFL, la plateforme de séquençage de Lille 2 et de l'IRCL, et le laboratoire d'hématologie du CHRU de Lille. Nous avons développé une méthodologie originale s'appuyant sur les progrès colossaux réalisés dans le domaine du séquençage de l'ADN via les séquenceurs à haut débit. Un programme permettant l'analyse de la concentration des lymphoblastes en fonction de leur réarrangement VDJ est en cours de finalisation au sein de l'équipe Bonsai.

Le projet ne saurait être complet sans un transfert du logiciel à l'hôpital. Cela nécessite donc de le rendre utilisable par des non-informaticiens. De manière plus large, le programme réalisé n'est pas spécifique à la problématique du CHRU de Lille mais pourrait être utilisé dans d'autres endroits. La réalisation d'une interface web qui pourrait être utilisée aussi bien en interne que depuis l'extérieur est donc indispensable.

Travail à réaliser

Le stage consiste à réaliser une interface web dynamique présentant l'ensemble des résultats du programme d'analyse. À l'heure actuelle les résultats sont présentés sous la forme d'une page HTML statique donnant la concentration de l'ensemble des clones ainsi que certaines informations annexes. Il faudra réaliser une interface web simple mais donnant toutes les informations nécessaires. Elle devra permettre de modifier les résultats, certaines décisions ne pouvant être prises que par un expert. Ainsi certains clones pourront être fusionnés, ce qui aura pour effet de mettre à jour dynamiquement les résultats présentés.

Le suivi de patient permet de voir l'évolution de la concentration des différents clones au cours du temps. L'interface proposera des graphiques permettant de refléter la variation de leur concentration au fil des points de suivi. Le nombre de clones pouvant être très élevés (plusieurs milliers), il faudra imaginer des solutions permettant une visualisation simple de ces variations. En particulier, cette visualisation devra de permettre de suivre des clones particuliers ou, comme à l'étape précédente, de fusionner le suivi de plusieurs clones.

L'ensemble de ces visualisations devra être exporté de manière statique, afin de permettre un transfert et une conservation par les services hospitaliers.

Compétences techniques

Il est nécessaire d'avoir pratiqué les technologies web. Une pratique de JQuery ou d'un framework équivalent serait un plus. Il n'est pas nécessaire d'avoir des connaissances en biologie.

L'équipe dispose de financements permettant d'envisager de prolonger le stage par 5 mois de contrat ingénieur.