Fouille de texte pour la biologie
Lille, mardi 20 septembre 2011



Le PPF Bioinformatique organise une journée scientifique sur les applications de la fouille de texte à la biologie: extraction d'information en génomique,inférence des interactions géniques,..

La journée se tiendra dans l'amphithéatre du batiment IRI-IRCICA, sur le campus CNRS de la Haute-Borne à Villeneuve d'Ascq. Le site est desservi par le métro, ligne 1, station Quatre Cantons. A partir du métro, vous êtes à 10 min à pied. Prendre la rue Paul Langevin, à droite (un panneau indique la direction du parc Haute-Borne). Après le Club House, couper par le parking à droite. Une fois sur le rond-point, le bâtiment apparaît sur votre droite. L'entrée est de l'autre coté.


Programme

9h45-10h05: Café d'accueil
 
10h05-10h15: Présentation de la journée
 
10h15-11h10: Introduction à la fouille de texte en biologie
Philippe Bessières (Equipe Bibliome, INRA Jouy en Josas)
 
11h10-12h05:Extraction de relations pharmacogénomiques à partir de la littérature
Adrien Coulet (LORIA, Nancy)
 
12h05-12h30: Genomatix Pathway System (GePS) de Genomatix
Philippe Youkharibache (Genomatix)
 
12h30-14h15: Déjeuner (RU Barrois)
 
14h15-15h10:Genie: literature-based gene prioritization at multi genomic scale
Jean-Fred Fontaine (Max Delbruck Center for Molecular Medicine, Berlin) [résumé]
 
15h10-15h40: Automated vocabulary discovery for geo-parsing online epidemic intelligence
Mikaela Keller (Université Lille 3 et INRIA Mostrare) [résumé]
 
15h40-15h55Pause
 
15h55-16h20:Presentation de Pathway Studio
Olivier Brun (Ariadne Genomics)
 
16h20-16h45: Introduction à IPA: Un outil pour explorer les mécanismes biologiques
Myriam Boutet (Ingenuity) [résumé]
 
16h45-17h00:Retours d'utilisation d'Ingenuity et autres logiciels
Marie-Christine Chartier-Harlin (INSERM U837 JPArc, Lille)

Inscriptions

La participation est gratuite, mais nous vous demandons de vous inscrire pour permettre l'organisation des pauses et du déjeuner.

Merci d'envoyer un mail avec les informations suivantes avant le 9 septembre à guillemette.marot@univ-lille2.fr.

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        Mardi 20 septembre 2011 - journee fouille de texte

        Nom:
        Prenom:
        Laboratoire :
        Dejeuner: oui/non
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Comité d'organisation