Programmation multicœurs en bio-informatique
Lille, 11 et 12 Juin 2012

Les nouvelles technologies de biologie moléculaire à haut débit conduisent à la production massive de données, avec de nouveaux besoins en calcul intensif pour l'analyse de séquences, la protéomique,... Les architectures multicoeurs, en particulier les cartes graphiques (GPU), permettent de répondre à ces beoins en offrant un fort parallélisme à un faible coût. Depuis quelques années, avec l'avènement des langages de programmation CUDA et OpenCL, de nombreuses applications bio-informatiques sur GPU ont vu le jour.

Le PPF Bio-informatique de l'Université Lille 1, associé à Renabi-Lille, propose une formation à la programmation et l'utilisation des processeurs multicoeurs, notamment GPU, dans le monde de la bio-informatique. Cette formation a pour objectif de présenter les concepts et outils nécessaires à l'exploitation de programmes GPU existants, ainsi que d'apporter les bases de la programmation GPU en OpenCL. Elle s'organise en trois volets, alliant théorie et pratique :

La formation s'adresse à un public de chercheurs, ingénieurs ou doctorants en bio-informatique ayant la maîtrise d'au moins un langage de programmation (C, Java,...) et une bonne connaissance de l'environnement Linux. Il n'est pas nécessaire d'avoir des connaissances en parallélisme.

A l'issue de la formation, vous devriez être capable de déployer des applications GPU au sein de votre laboratoire et d'écrire des petits programmes afin de réaliser vous-même des tâches sur processeurs multicoeurs. Sur ces sujets, un soutien après la formation sera proposé aux personnes inscrites.

Programme

lundi 11 juin – Exposés/Cours – 13h30 à 17h30, amphi Appert, Polytech'Lille

mardi 12 juin – TP: CUDA, Biomanycores, OpenCL – 9h00 à 17h00, salle E304, Polytech'Lille

Dates et lieu

La formation se déroulera lundi 11 Juin après-midi et mardi 12 juin à Polytech'Lille, à Villeneuve d'Ascq, sur le campus de l'Université Lille 1. Le site est desservi par le métro, ligne 1, station Quatre Cantons (plan d'accès, plan du campus ), compter environ 20 minutes depuis la gare Lille-Flandres.

Inscription

La date limite d'inscription est fixée au mercredi 16 mai 2012.

L'inscription est gratuite mais obligatoire pour l'organisation (occupation de la salle TP, pauses, déjeuner du mardi midi).Le nombre de place pour les séances de TP du mardi est limité à 16. Il est possible de n'assister qu'à la session de cours/exposés du lundi, ouverte à tous.

Pour vous inscrire, merci d'envoyer un courrier électronique à stephane.janot@univ-lille1.fr avec les informations suivantes :

   Nom:
   Prénom:
   Courriel:
   Fonction:
   Laboratoire d'appartenance:
   Adresse:
   Présence à la session cours/exposés du lundi 11 juin: oui/non
   Présence aux TP du mardi 12 juin: oui/non

Hébergement

L'office du Tourisme de Lille propose un moteur de réservation d'hôtels (sélectionner Lille centre). Ci-dessous quelques hôtels situés à Lille. Il faut compter une vingtaine de minutes en métro pour rejoindre le campus à partir du centre-ville. Il existe également un hôtel situé sur le campus même : Ascotel autour de 100 euros la nuit.

Contact

Pour toute question, merci de contacter Stéphane Janot : stephane.janot@univ-lille1.fr.


Last modified: Tue May 29 14:25:07 CET 2012