Nous allons travailler sur la stratégie à adopter pour effectuer
une recherche bibliographique efficace. Nous verrons qu'il existe
plusieurs manières d'interroger la banque
PubMed
via Entrez et qu'elles sont complémentaires.
Nous utiliserons comme exemple la recherche des articles
qui concernent les peptides non-ribosomiaux.
Pour savoir ce que sont ces peptides, vous pouvez consulter la page
anglaise de Wikipedia qui leur est consacrée.
La copie d'écran suivante
indique les fonctionnalités que nous allons utiliser. Il est conseillé de
la garder ouverte afin de pouvoir s'y référer.
Pour commencer, nous allons rechercher dans PubMed quels sont
les articles qui mentionnent les peptides non-ribosomiaux,
"nonribosomal peptides" en anglais.
Le problème est que certains auteurs écrivent
"nonribosomal peptide" et d'autres écrivent
"non-ribosomal peptide". Il faut donc
interroger la banque avec ces 2 expressions.
Quelle requête permet d'obtenir en une seule fois les articles qui mentionnent
les peptides non-ribosomiaux, quel que soit l'orthographe
utilisé (avec ou sans tiret) ?
Combien d'articles obtenez-vous ? Quel est le nombre d'articles
de revue (ils sont directement accessibles via le lien
Review qui se trouve sur la droite de la page).
Lorsque vous lancez une requête, Entrez essaie de
deviner à quels champs correspondent les critères de recherche
saisis. Par exemple, l'expression "Dupont p"
est interprétée comme étant le nom d'un auteur car c'est un mot
suivi d'une seule lettre (initiale du prénom). La requête sera
transformée en "dupont p[Author]".
Avec d'autres expressions, Entrez cherchera s'il existe un terme
MeSH correspondant à un ou plusieurs termes de l'expression. Enfin,
Entrez recherche automatiquement le pluriel ou autre des termes
saisis, s'il les connait.
Il est possible de savoir comment Entrez interprète la requête
saisie grâce à la partie Search details
à droite de la page.
Consultez les détails de votre requête afin de voir comment
Entrez l'a interprétée.
Est-ce que vous comprenez la façon dont Entrez a interprété
votre requête ?
Est-ce qu'un ou plusieurs terme(s) MeSH a (ont) été identifié(s) ?
Est-ce qu'il y en a qui sont spécifiques aux peptides
non-ribosomiaux ?
Note : Seul le terme "peptides" a été ici identifié comme terme MeSH.
Pour connaître le ou les terme(s) MeSH relatif(s) à un sujet,
une méthode est de consulter la liste des termes MeSH associés
aux articles qui traitent de ce sujet. Par exemple, vous obtenez
un premier ensemble d'articles en faisant une recherche à l'aide
d'une expression.
Attention, tous les articles ne sont pas indéxés par des termes MeSH,
certains sont en cours d'indexation ([PubMed -
in process] indiqué en grisé en-dessous de la référence) et
d'autres sont référencés dans PubMed, sans autre information
([PubMed - as supplied by publisher]).
Seuls les articles portant la mention [PubMed -
indexed for MEDLINE] contiennent des termes MeSH.
Pour visualiser les termes MeSH associés à un article, il faut afficher
la page de résumé de cet article sous PubMed puis cliquer sur le "+"
qui se trouve à gauche de la phrase Publication
Types, MeSH Terms, Substances
Consultez les termes MeSH et les noms de substance des 5 premiers articles
de revue (lien Review) obtenus à l'aide
de la requête précédente.
Est-qu'il y a des termes communs à au moins 2 de ces articles ?
Quel(s) terme(s) vous semblent être adaptés aux peptides
non ribosomiaux ?
Jusqu'à présent, nous avons interrogé la banque PubMed pour accéder aux termes MeSH. Mais, il est possible d'interroger directement la banque des termes MeSH afin d'identifier le ou les termes qui correspondent à un sujet. Pour cela, vous devez sélectionner MeSH dans la liste déroulante qui indique la banque interrogée (juste avant la zone de saisie).
Quels termes MeSH du dictionnaire sont proposés lors de la recherche
de non-ribosomal peptide ?
Consultez la description des termes pour répondre aux questions suivantes :
En quelle année ces termes ont été ajoutés au dictionnaire ?
Existe-t'il une relation hiérarchique entre certains des termes
trouvés ?
Est-ce que les termes trouvés correspondent aux termes trouvés
dans les articles de PubMed ?
Est-ce que des termes MeSH sont trouvés en interrogeant la banque
à l'aide de l'expression non-ribosomal
synthesis ou non-ribosomal
peptide synthesis ? Consultez aussi les suggestions.
Vous pouvez constater qu'il n'est pas toujours facile de
trouver le ou les termes MeSH qui correspondent à un sujet.
Dans notre exemple, il y a essentiellement un terme MeSH et
un nom de substance qui peuvent correspondre :
"Peptide Biosynthesis, Nucleic Acid-Independent"[Mesh] OR "non-ribosomal peptide synthase "[Substance Name]
Le terme MeSH se focalise sur la synthèse elle-même et non les
synthétases ou les peptides. Il n'est donc pas très utilisé. Le
nom de substance est plus utilisé puisqu'il fait référence aux
synthétases. Vous noterez qu'il n'y a pas de terme correspondant
aux peptides eux-mêmes.
Pour rechercher les articles de PubMed indéxés par un terme
MeSH, vous pouvez partir de la liste du ou des termes dans la
banque MeSH, puis aller vers la banque PubMed en sélectionnnant les termes MeSH d'intérêt (cases à cocher) puis en cliquant sur Add to search builder et enfin en lançant la requête dans PubMed grâce au bouton Search Pubmed.
Combien d'articles sont indéxés par l'un ou l'autre des 2 termes
trouvés ?
Pour savoir quels sont les articles trouvés spécifiquement à l'aide d'une requête ou d'une autre, il est possible de les combiner entre elles à l'aide de l'historique des requêtes (lien Advanced puis section History). Chaque requête effectuée depuis que vous êtes connecté est rapellée et porte un numéro (ex : #1). Ce numéro est un lien HTML qui permet d'effectuer plusieurs opérations dont la combinaison des requêtes à l'aide de l'opérateur de votre choix (AND, OR, NOT).
Construisez un requête qui vous donne les articles trouvés à
l'aide des deux expressions du début du TP ET étant indéxés par
les termes MeSH (les 2 en même temps).
Combien d'articles sont dans ce cas ?
Recherchez maintenant les articles trouvés à l'aide des expressions,
mais n'étant pas indéxés par les termes MeSH.
Combien d'articles sont trouvés ?
Quelles peuvent être les raisons de cette différence ?
Vous allez construire une dernière requête, la plus utile
quand vous faîtes de la recherche bibliographique :
l'ensemble des articles trouvés par au moins l'une des 2 requêtes.
Cela évite de consulter 2 fois les articles communs.
Vous pouvez constater qu'il est difficile de construire
une requête qui corresponde parfaitement à ce que l'on cherche.
Il est souvent nécessaire de faire plusieurs requêtes pour obtenir
un maximum d'articles (sans en oublier). Il reste alors un travail
long et fastidieux : le tri parmi les articles trouvés.
Un dernier moyen pour accèder à d'autres articles est l'utilisation
des liens entre articles. Entrez calcule des liens entre éléments
d'une même banque. Un article est lié à un autre article si ils
partagent des termes MeSH. Lors de la consultation d'un article
via Entrez, les articles proches sont indiqués sur la droite, dans
la partie "Related citations". En
suivant le lien, vous accédez à une nouvelle liste d'articles.
Le NCBI offre à tout le monde la possibilité de créer un compte
sur leur serveur afin de mémoriser des informations et de
personnaliser l'interface. Ce compte peut être utilisé pour toutes
les banques accessibles via Entrez, mais aussi pour Blast.
Il permet de mémoriser des requêtes afin de les relancer
régulièrement ou de programmer l'envoi automatique des nouveaux
résultats par e-mail. Il est également possible de mémoriser des
entrées que ce soit une liste d'articles (pour une biblio sur un
sujet) ou des séquences protéiques (ensemble des séquences d'une
famille sur laquelle vous travaillez), ...
Vous pouvez profiter de ce TP pour vous inscrire à MyNCBI et
tester ses possibilités.