Détail du sujet

Le laboratoire de Procédés Biologiques, Génie Enzymatique et Microbien (ProBioGEM) possède une grande expérience dans l’obtention de peptides possédant des propriétés biologiques provenant soit de l’hydrolyse enzymatique de protéines, soit de micro-organismes (voie de synthèse NRPS de lipopeptides), et la caractérisation de leurs propriétés physico-chimiques. Un programme informatique permettant de calculer ces propriétés pour les peptides a été mis au point au sein d’une même interface. Ce programme permet de déterminer la masse moléculaire, le pHi (et l’évolution de la charge en fonction du pH), l’hydrophobie, le moment hydrophobe, la balance hydrophile/lipophile (HLB) et le coefficient d’extinction molaire.

Attente du projet : Le laboratoire souhaite élargir cette interface et mettre en place des outils informatiques de prédiction des propriétés biologiques de peptides sur la base de la connaissance de la séquence en monomères (appelés acides aminés) constituant les peptides et des propriétés physico-chimiques de ces monomères, dans une approche de type QSAR (Quantitative Structure Activity Relationship).

Travail à réaliser : Il s’agit de reprendre le développement d'un tel outil par un ou deux étudiants en Master 1 d’Informatique puis tester et valider le modèle pour la prédiction de l'activité antimicrobienne de peptides obtenus par le laboratoire. Une base de données pour les peptides utilisés par l’outil et l'interfaçage avec le programme de calcul de propriétés physico-chimiques déjà utilisé dans le laboratoire devront être également modélisés.
Le ou les stagiaires doivent maîtriser les langages informatiques suivants : PHP5, HTML, JavaScript, Python, SQL. Des connaissances en statistiques et en logiciel R seront très appréciées. Aucune compétence en biologie n’est requise.