Détail du sujet

L'ARN (acide ribonucléique) joue plusieurs rôles fondamentaux au sein de la cellule: synthèse des protéines (ARN messagers), activité catalytique ou implication dans la régulation (ARN non-codants). Les ARNs peuvent s'étudier par leur "structure secondaire", représentable par une séquence bien parenthésée, par certaines arborescences, ou bien par un ensemble de "tiges" juxtaposées et imbriquées.

La structure secondaire est relativement simple à visualiser lorsqu'on considère un unique ARN. La thèse d'A. Saffarian vient cependant de proposer l'étude des "multi-structures", qui combinent structures réelles ou supposées. Le but de ce projet est donc de proposer, en SVG + Javascript, un outil interactif élégant pour visualiser ces multi-structures. La piste proposée est la réalisation d'un dot-plot (matrice 2D montrant les appariements) couplé à une visualisation des tiges. Les dot-plots sont d'ailleurs couramment utilisés en bioinformatique pour représenter l'alignement de séquences.

Aucune connaissance en bioinformatique n'est nécessaire.

• Un exemple de dotplot : http://rna.tbi.univie.ac.at/css/RNApics/dotplot.png
• Regliss : http://bioinfo.lifl.fr/RNA/regliss/help.php
• Thèse A. Saffarian : http://www.lifl.fr/bonsai/doc/phd-azadeh-saffarian.pdf