Au cours de l'évolution, la structure des génomes évolue, c'est-à-dire que l'ordre des gènes est modifié. Cependant la question de savoir pourquoi certains ordres ont été conservés à travers le temps et d'autre modifiés n'a pas encore de réponse. Pour fouiller cette problématique, nous avons besoin d'analyser les régions sur le génome autour des gènes qui ont été modifiés mais aussi entre les gènes dont l'ordre a été conservé.
Il s'agira dans ce travail de développer les capacités d'un logiciel, CASSIS, capable d'extraire les régions de cassure de l'ordre des gènes entre deux génomes afin qu'il puisse traiter simultanément plusieurs génomes. Puis il faudra développer les outils nécessaires à l'analyse
de ces régions afin d'obtenir in fine un pipeline d'analyse. Les sorties pourront être visualisées grâce au logiciel CIRCOS.
|
