Le poisson zèbre (Danio rerio) est communément utilisé en tant que modèle d’étude du développement chez les vertébrés en raison de son développement embryonnaire rapide, de sa transparence optique et de la facilité avec laquelle il peut être manipulé in vivo. Ces qualités le prédisposent à devenir un bon modèle d’étude du rôle de la glycosylation chez les vertébrés. Afin de fournir à la communauté scientifique des bases structurales solides pour les analyses des fonctions des glycanes (sucres complexes) chez le poisson zèbre, notre laboratoire a initié l’analyse totale du glycome de ses organes. Nous avons ainsi établi par spectrométrie de masse la structure des O-glycanes, N-glycanes et glycolipides exprimés dans les organes majeurs du poisson zèbre.
Ces études ont généré une quantité très importante de données structurales. Pour les rendre accessibles à la communauté scientifique, nous envisageons la création d’une base de données permettant leur utilisation de manière conviviale. Le stagiaire aura pour objectif de mettre en forme cette base en permettant l’accès aux structures ainsi qu’aux données expérimentales par la création d’un site Web associé. Les compétences requises sont PHP5, HTML, JavaScript, MySQL.
Le projet se déroulera à l’UMR 8576 « Unité de Glycobiologie Structurale et Fonctionnelle », au sein de l’équipe « Biodiversité associée aux glycoconjugués” (responsable Yann Guerardel) ; responsable informatique Olga Plechakova.
|
