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@phdthesis{NoePHD05,
  author = {No{\'e}, Laurent},
  title = {Recherche de similarit{\'e}s dans les s{\'e}quences d'ADN:
                  mod{\`e}les et algorithmes pour la conception de graines efficaces},
  school = {Universit{\'e} Henri Poincar{\'e} - Nancy},
  year = {2005},
  month = {September},
  pdf = {http://www.lifl.fr/~noe/files/phd.pdf},
  postscript = {http://www.lifl.fr/~noe/files/phd.ps.gz},
  hal-url = {http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00011482},
  opteprint = {},
  abstract = {Les m{\'e}thodes de recherche de similarit{\'e}s les plus
fr{\'e}quemment utilis{\'e}es dans le cadre de la g{\'e}nomique sont
heuristiques. Elles se basent sur un principe de filtrage du texte qui permet
de localiser les r{\'e}gions potentiellement similaires. 

Dans cette th{\`e}se, nous proposons de nouvelles d{\'e}finitions de filtres
pour la recherche de similarit{\'e}s sur les s{\'e}quences g{\'e}nomiques et
des algorithmes associ{\'e}s pour mesurer leurs caract{\'e}ristiques. Plus
pr{\'e}cis{\'e}ment, nous avons {\'e}tudi{\'e} le mod{\`e}le des {\em graines
espac{\'e}es}, et propos{\'e} un algorithme d'{\'e}valuation de l'efficacit{\'e}
des graines sur des similarit{\'e}s d'une classe particuli{\`e}re
(similarit{\'e}s dites {\em homog{\`e}nes}). Nous avons {\'e}galement
d{\'e}velopp{\'e} un algorithme g{\'e}n{\'e}ral pour la mesure de
l'efficacit{\'e} des graines, ainsi qu'un nouveau mod{\`e}le de graine
appel{\'e} {\em graine sous-ensemble}, extension du mod{\`e}le des {\em graines
espac{\'e}es}. Enfin nous donnons, dans le cadre du {\em filtrage sans perte},
une extension  {\`a} l'aide de graines multiples, que nous analysons et
appliquons au probl{\`e}me de la conception d'oligonucl{\'e}otides.

 Nous avons r{\'e}alis{\'e} et donnons acc{\`e}s {\`a} des outils pour la
conception des filtres, ainsi que pour la recherche de similarit{\'e}s.},
  aeres = {TH},
  labo = {hors},
  inria = {ADAGE}
}

@techreport{NoeDEA02,
  author = {No{\'e}, Laurent},
  title = {{Recherche de r{\'e}p{\'e}titions distantes dans les s{\'e}quences}},
  year = {2002},
  institution = {LORIA, Universit{\'e} Henri Poincar{\'e} Nancy 1},
  type = {Rapport de {DEA}},
  month = {July},
  pdf = {http://www.lifl.fr/~noe/files/dea.pdf},
  postscript = {http://www.lifl.fr/~noe/files/dea.ps.gz}
}

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