Parcours

Enseignement

Zététique
Licence 3è année – Informatique 2014→
Master 2è année – Journaliste et scientifique 2013→
Codage de l'information
Licence 2è année – Informatique 2010→
Automates et langages
Licence 3è année – Informatique 2015→
Bioinformatique
Master 1è année – Biologie et biotechnologie 2011→
Initiation à l'informatique
Licence 1è année – Sciences exactes et sciences de l'ingénieur 2014→2015
Pratique du C
Licence 2è année – Informatique 2013→2015
Licence 3è année – Informatique 2010→2013
Initiation à la programmation
Licence 1è année 2010→2014

Recherche

Domaines de prédilection

Mes domaines de recherche concernent principalement (mais n'y sont pas limités)
Bioinformatique
Algorithmes pour le traitement de séquences issues des séquenceurs à haut-débit. Plus précisément, il s'agit d'algorithmes pour des données de RNA-seq, ou pour l'analyse de la clonalité de lymphocytes.
Recherche de cibles de microARN (petits ARN, ne codant pas pour des protéines, ayant une fonction régulatrice)
Algorithmique du texte
Structures d'indexation pour le texte (arbre et table des suffixes), compressées (transformée de Burrows-Wheeler), dynamiques
Recherche de minimum dans un intervalle

Publications

Présentations données

Logiciels

Vidjil
Un outil pour regrouper les séquences partageant une même recombinaison V(D)J, dans des données de séquençage à haut-débit. Cet outil peut notamment être utilisé pour le suivi de la leucémie.
CRAC
Un outil d'analyse de données RNA-Seq : détection de jonctions d'épissage (alternatif ou non), de gènes ou transcrits de fusion, de mutations ponctuelles (substitutions, insertions, délétions).
GkArrays
Bibliothèque C++ pour l'indexation des lectures issues des séquenceurs haut-débit.
DFMI
Implantation d'une structure d'indexation dynamique et compressée.

Conflits d'intérêt

Je possède le nombre minimal de parts dans ma banque coopérative. Mes recherches sont conduites à l'aide de fonds publics exclusivement. Dans le cadre du projet Vidjil, je travaille également avec un ingénieur financé par la fondation EDF. J'ai signé une convention d'orateur non rémunéré dans le cadre de deux journées organisées par Novartis à Dieppe en 2016 sur l'onco-hématologie avec des médecins de différents CHU du nord de la France. La nuit d'hôtel et trois repas ont été pris en charge par Novartis.

Contact

Université Lille 1 – LIFL
Bâtiment M3 – Cité scientifique
59655 Villeneuve d'Ascq Cedex - France

+33 3 28 77 85 54

  1. 1 Si vous ne comprenez rien à ce charabia, ne vous inquiétez pas, il est uniquement présent afin de satisfaire les différent organismes de tutelle.