Maîtrise informatique: bioinformatique

Cours et TP: Hélène Touzet (bureau 229, bâtiment M3 extension,touzet_at_lifl_dot_fr)
TD et TP : Jean-Stéphane Varré (bureau 228, bâtiment M3 extension, varre_at_lifl_fr)

Programme du cours

• Introduction: qu'est-ce que la bioinformatique?
• Alignement global
• Alignement local et BLAST
• Modèles de Markov
• Alignement multiple
• Algorithmes génétiques (et l'exemple de la prédiction de structures de protéines)
• Recherche de motifs exacts

Séances de TP

• TP 1 le 28 février : alignement
• TP 2 le 14 mars : de la séquence à la structure
• TP 3 le 6 mai : phylogénie (en salle 117 du bâtiment DESS)

Examens des années précédentes

• juin 2001
• septembre 2001
• juin 2002

En dehors du M5

• La fonction du gène (INRA)
• Evolution: des bactéries à l'homme
• Cours de bioinformatique du Citi2: banques de données biologiques, recherche de similitude entre séquences, recherche de motifs
• Simulation d'algorithmes de recherches de motifs, avec le code en C !
• Comparaison de séquences : matrices de programmations dynamiques et reconstruction de l'alignement
• Arbre des suffixes : construction en direct
• Analyse bioinformatique des séquences, Université de Tours
• Bioinformatique fonctionnelle, Daniel Gautheret, ESIL
• Pour en savoir plus sur les modèles de Markov : un tutorial en francais (L. Brehelin et O. Gascuel)

Références bibliographiques