DESS Bioinformatique : Analyse de séquences


Hélène Touzet - bureau 229, bâtiment M3 extension, touzet_at_lifl_dot_fr

Transparents de cours

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Contrôles 2001-02 : interro n°1, interro n°2

Par ailleurs

Un polycopié de cours qui permet de revoir et d'approfondir des points vus en cours: Computational biology par Martin Tompa (en anglais, et pour ceux qui aiment l'algorithmique)

Séquencage du génome humain : Initial sequencing and analysis of the human genome, l'article paru dans Nature relatant les travaux du consortium international

Alignement 2 à 2 et programmation dynamique : alignement local et global (pour l'alignement global, voir la distance de Levenshtein) (Christian Charras et Thierry Lecroq) et la construction de toutes les tables pour l'alignement global, local, avec gaps (Peter Sestoft)

Alignement multiple : Clustalw , Dialign2 à Pasteur, ou à Genomatix et BaliBASE, base de données d'alignements multiples, interview de Des Higgins sur la création de ClustalW, a gentle guide to multiple alignment

Recherche de motifs exacts : Tous les algorithmes en C (Christian Charras et Thierry Lecroq)

Prédiction de gènes : le serveur d' Ecoparse

Arbre des suffixes : plus d'informations, la construction en direct et les sources en C de l'algorithme de construction de Ukkonen

Utilisation de l'arbre des suffixes : comparaison génomique avec MUMmer

Structures d'ARN : Mfold, Introduction to RNA world et un petit cours sur la structure de l'ARN

Le saviez-vous ? DNA is like Coca-Cola