PPF Bio-informatique

Le PPF Bio-informatique est une action structurante de l'Université Lille 1 pour l'animation et le soutien de la recherche en bio-informatique.

Les laboratoires associés sont

le LIFL, Laboratoire d'Informatique Fondamentale de Lille, UMR 8022
l'IFR 147, Protéomique, Modifications post-traductionnelles et Glycobiologie
Probiogem, Laboratoire des procédés biologiques, génie enzymatique et microbiologique
le GEPV, Laboratoire de Génétique et Evolution des Populations Végétales
Laboratoire de Chimie Organique et Macromoléculaire, UMR 8009
l'UMR 8161, Institut de Biologie de Lille
l'IRI, Institut de Recherche Interdisciplinaire

A venir

mardi 26 juin 2012: présentation de Galaxy

lundi 18 et mardi 19 juin 2012: atelier Phylogénie

lundi 11 juin et merdi 12 juin: formation Programmation multicoeurs en bio-informatique

Evénements passés

lundi 9 janvier 2012: bilan d'activité de l'année 2011

7 décembre 2011: journée Analyse bio-informatique des données NGS

19 septembre 2011: journée Fouille de texte pour la biologie

14 juin 2011: journée Calcul intensif pour la biologie

4 mai 2010: journée Intégration de données complexes et hétérogès

9 mars 2009: journée thématique sur le séquencage à haut débit

30 juin-2 juillet 2008: JOBIM 2008

11 juin 2008: rencontre PPF 2008

26-28 mars 2007: journées AReNa, bio-informatique des ARN non-codants

18 juin 2007: rencontres PPF 2007

Logiciels et bases de données

Analyse de séquences

YASS, alignement local de séquences génomiques

mreps, recherche de repetitions en tandem

protea, identification d'exons ou de régions codantes par analyse comparative

ARN non codants: CARNAC (prediction de structures secondaires conservées), GARDENIA (alignement de structures d'ARN)

Suite TFM - Transcription Factor Matrices: TFM-Explorer (analyses des régions regulatrices chez l'homme, la souris, le rat), TFM-Scan (algorithme rapide de localisation de motifs cis-regulateurs), TFM-Pvalue (calcul exact et efficace de P-valeur)

Peptides, protéomique et glybobiologie

Norine, une ressource pour les peptides non ribosomiques (NRPS)
Glycobase, glycobiodiversité de différentes espèces animales
Ascq me
Dock

Projets soutenus depuis 2006

Ascq Me, identification de protéines à partir de spectres MS - Christian Rolando (UMR 8009, LIFL)
Docking moléculaire multi-objectif, - EG Talbi (LIFL, UMR 8161)
NRPS, Non Ribosomal Peptide Synthesis - Maude Pupin (LIFL, Probiogem)
Glycobase - Emmanuel Maes (IFR 147)
Local genomic effects of selfing in A. thaliana - Vincent Castric (GEPV, LIFL)
Logiciels pour l'analyse de séquences à grande échelle - Helene Touzet (LIFL)
Caractérisation et fonction d'une famille de gènes de glycosyltransférases - Anne Harduin-Lepers (IFR 147)
Etude des données de transcriptomique pour la prédiction d'opérons - Yves Lemoine
Mise en place de solutions d'analyse de la 'Gene Ontology' au niveau d'une plate-forme d'analyse de puces à ADN - David Hot (UMR 8161)
Analyse par CGH array des modifications génomiques induites lors de la sénescence et associées à l'émergence tumorale - Corinne Abbadie (UMR 8161)
Evolution du génome mitochondrial de la betterave. Approche de génomique comparative - Pascal Touzet (GEPV, LIFL)
Modélisation, analyse de réseaux de régulation génétiques par équations différrentielles et programmation concurrente - Francois Boulier, Cédric Lhoussaine (LIFL)
Approche bioinformatique de la protéolyse enzymatique - Renato Froidevaux (Probiogem)
Protein-Protein Docking in Structural Systems Biology - Marc Lensink (IRI)

Organisation

Responsable: Hélène Touzet (LIFL), co-responsable: Dominique Legrand (IFR 147)

Bureau: Corinne Abbadie (UMR 8161), Ralf Blossey (IRI), Philippe Jacques (Probiogem), Yves Lemoine (UMR 8161), Christian Rolando (UMR 8009) , El Ghazali Talbi (LIFL), Pascal Touzet (GEPV)

Liste de diffusion: ppfbioinfo_AT_univ-lille1.fr