Le PPF Bioinformatique organise un atelier d'une journée et demie sur la phylogénie. La première journée propose un tutoriel introductif et des présentations d'orateurs invités. La matinée de mardi sera consacrée à une séance sur machines, en effectif réduit.

L'atelier se déroulera sur la Haute-Borne, métro ligne 1 station Quatre Cantons [comment venir].

Programme

Lundi 18 juin (amphithéatre de l'IRI-IRCICA)

9h30-12h45: Présentation de l'état de l'art en reconstruction phylogénétique
Céline Poux, GEPV et Samuel Blanquart, LIFL-INRIA

[document 1, document 2]

• Conservation des séquences, homologie, alignement, méthodes de distance et de parcimonie
• Les modèles probabilistes de l'évolution moléculaire : les processus de substitution entre nucléotides, de JC69 à GTR, les processus de remplacement en acides aminés, les modèles à codon, les modèles hétérogènes
• Principes des méthodes de datation et relaxation de l'horloge moléculaire

Déjeuner

14h15-15h00: Contribution of Lateral Gene Transfers to the Biology and Genomes of Plant-Parasitic Nematodes
Etienne Danchin, INRA Sophia

15h00-15h45: Robustesse des arbres phylogénétiques, influences des sites et des taxons
Mahendra Mariadassou, INRA Jouy-en-Josas

Pause

16h00-16h45: Détecter les processus écologiques et évolutifs dans l'arbre du vivant
Hélène Morlon, Ecole Polytechnique

16h45-17h30: Testing the impact of calibration on molecular divergence times using a fossil-rich group: The case of Nothofagus (Fagales)
Hervé Sauquet, Laboratoire Ecologie, Systématique, Evolution

Mardi 19 juin (salle du conseil INRIA)

9h00-12h00: Séance sur machines de manipulation de logiciels de phylogénie
Céline Poux, GEPV et Samuel Blanquart, LIFL-INRIA

[sujet 1, sujet 2, données, résultats]

• Les modèles standards exploités en Maximum de Vraisemblance
• Utilisation du logiciel PhyML3.0 et de la plateforme www.phylogeny.fr
• Utilisation des méthodes Bayésiennes implémentées dans le logiciel PhyloBayes3.0 : convergence des chaines MCMC, comparaison des phylogénies inférées par plusieurs modèles, supports statistiques (bootstrap, SH, probabilité a posteriori), enracinement et groupes extérieurs, et application des méthodes de datation

Inscriptions

La participation est gratuite, mais nous vous demandons de vous inscrire pour permettre l'organisation des pauses et du déjeuner et de la salle. La journée du lundi est ouverte au plus grand nombre. Le nombre de participants pour la séance sur machines du mardi matin est à effectif réduit.

Merci d'envoyer un mail avec les informations suivantes avant le 5 juin à benmounah.mohcen@gmail.com.

        --------------------------------------------------
        18, 19 juin 2012 - journees Phylogenie

        Nom:
        Prenom:
        Laboratoire :
        Dejeuner du lundi 18 juin: oui/non
        Seance TP sur machine du mardi 19 juin: oui/non
        --------------------------------------------------