Calcul intensif pour la biologie
Lille, mardi 14 juin 2011



Le PPF Bioinformatique et le PPF Calcul intensif organisent une journée scientifique sur les applications du calcul intensif à la biologie. L'objectif est de présenter de manière pratique comment, par exemple, les grilles de calcul peuvent aider à la recherche en biologie, que ce soit en génomique, protéomique, génétique des populations, épidémiologie, ou quelles sont les perspectives d'evolution en termes de calcul à haute performance,... Les exposés comprendront des exemples concrets d'utilisation, ainsi qu'un panorama des moyens de calculs à disposition de la communauté au niveau national et sur Lille.

La journée se tiendra dans l'amphithéatre du batiment IRI-IRCICA, sur le campus CNRS de la Haute-Borne à Villeneuve d'Ascq. Le site est desservi par le métro, ligne 1, station Quatre Cantons. A partir du métro, vous êtes à 10 min à pied. Prendre la rue Paul Langevin, à droite (un panneau indique la direction du parc Haute-Borne). Après le Club House, couper par le parking à droite. Une fois sur le rond-point, le bâtiment apparaît sur votre droite. L'entrée est de l'autre coté.


Programme

9h00-9h20:  Accueil et introduction
Nouredine Melab et Hélène Touzet [transparents]

Retours d'expérience
9h20-9h40: Calcul intensif en écologie et biologie évolutive : deux exemples sur la spéciation et l'extinction des espèces.
Sylvain Billiard (Génétique et Evolution des Populations Végétales, Université Lille 1) [résumé, transparents]
9h40-10h00:Recherche d'associations haplotypiques dans le cadre de la maladie d'Alzheimer
Benjamin Grenier-Boley (Institut Pasteur de Lille) [résumé]
10h-10h45: Rechercher les partenaires protéiques en combinant la modélisation moléculaire à l’évolution
Alessandra Carbone (Génomique des microorganismes, Université Pierre et Marie Curie) [résumé, transparents]
 
10h45-11h15Pause

Les infrastructures nationales
11h15-12h00: RENABI GRISBI - Mutualiser les Ressources de la Bioinformatique
Christophe Blanchet (Institut de Biologie et Chimie des Protéines, Lyon) [résumé, transparents]
12h00-12h45: DIET_BLAST: Architecture logicielle et petits problèmes de recherche
Frédéric Desprez (LIP, ENS Lyon) [transparents]
 
13h00-14h00: Déjeuner

Les infrastructures nationales - suite
14h15-15h15: La grille EGEE/EGI et ses applications à la biologie
Michel Jouvin (LAL, Université Paris-Sud) [transparents] et Sorina Pop (Creatis, Université Lyon 1) [transparents]

Perspectives d'avenir
15h15-15h45: Les clouds, du buzz à la vraie science
Frédéric Desprez (LIP, ENS Lyon) [transparents]
15h45-16h15:StratusLab: Les applications scientifiques sur le cloud
Cal Loomis (LAL, Université Paris-Sud) [transparents]
 
16h15-16h30: Pause
 
Perspectives d'avenir - suite
16h30-17h15:GPU, multicoeur et le projet BIOMANYCORES
Jean-Stéphane Varré (LIFL) [transparents] et Jean-Frédéric Berthelot (INRIA Lille Nord Europe) [résumé, transparents]

Les moyens disponibles en local
17h15-18h00: Grilles et calcul intensif à Lille
Cyrille Bonamy, Patrick Billa et Yvon Tinel (CRI Université Lille 1) [résumé]


Inscriptions

La participation est gratuite, mais nous vous demandons de vous inscrire pour permettre l'organisation des pauses et du déjeuner.

Merci d'envoyer un mail avec les informations suivantes avant le 6 juin à louise.ott@univ-lille1.fr. 

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        Mardi 14 juin 2011 - journee Calcul intensif

        Nom:
        Prenom:
        Laboratoire :
        Dejeuner: oui/non
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Comité d'organisation