Master recherche informatique 2006-07
Cours de Bio-informatique
Sauf indication contraire, les cours ont lieu le mercredi matin, de
8h45 à 10h15, en salle 10 du batiment des DESS.
Calendrier prévisionnel
- Jeudi 21 septembre : Introduction à la biologie (Maude Pupin) [PDF]
- Jeudi 28 septembre : Etude des génomes (Maude Pupin) [PDF]
- Mercredi 4 octobre : Alignement de séquences (Hélène Touzet) [PDF]
- Mercredi 18 octobre : Méthodes de filtrages pour l'alignement de séquences (Gregory Kucherov)
- Mercredi 25 octobre : Arbre des suffixes, répétitions (Gregory Kucherov)
- Mercredi 8 novembre : Motifs biologiques (Hélène Touzet) [PDF]
- Mercredi 15 novembre : Structure des ARN (Hélène Touzet) [PDF]
- Mercredi 22 novembre : Séquences et architectures (Mathieu Giraud) [transparents, poly]
- Mercredi 29 novembre : Séquences et architectures II (Mathieu Giraud)[transparents]
- Jeudi 7 decembre, salle 117 : TP de bio-informatique (Maude Pupin)
- Jeudi 21 decembre, 9h-12h, salle 226 batiment M3 extension : soutenances d'articles
- Mercredi 10 janvier, 9h-11h, salle 10 batiment DESS : examen ecrit
Examen 2004-05
Analyse d'articles
Le cours comprend également l'analyse d'un article scientifique présentant un
algorithme de bio-informatique. Vous pouvez travailler sur ces
articles en binome ou en monome. Il y aura une soutenance orale au
mois de décembre (date à fixer ultérieurement). Merci d'envoyer votre
choix à touzet[at]lifl.fr.
- Better filtering with gapped q-grams [PS] - Raphael Maitrepierre
- Automated de novo identification of repeat sequence families in sequenced genomes [PDF] - Adeline Lepaul, Cedric Molendi-Coste
- Fast index based algorithms and software for matching position specific scoring matrices [PDF]
- RNA secondary structure prediction via energy density minimization [PDF] - Matthieu Quatrelivre
- Searching genomes for non-coding RNA using FastR [PDF]
- Families of FPGA-based algorithms for approximate string matching [PDF] - Anthony Hebig
- Large scale protein sequence alignment using FPGA reprogrammable logic devices [PDF] - Agata Migalska, Daniel Muschick
Sujets de stage
Biologie sur le web
Références bibliographiques
- Introduction to computational molecular biology. J. C. Setubal and J. Meidanis. PWS Publishing Company, Boston, 1997
- Computational Molecular Biology: An Algorithmic Approach.
P.A. Pevzner MIT Press 2000
Les livres sont disponibles dans le bureau 206.
[Master Recherche en informatique]