Sur les 31 réponses, 13 concernent des personnels non titulaires (DEA,ATER,postdoc), 7 concernent des personnels techniques (Ingénieurs,Techniciens) et 11 concernent les MCF, Professeurs et Chercheurs. Dans la suite nous désignerons ces catégories sous les noms respectifs de A, B et C.
On note 8 réponses provenant de Lille 1, 3 de Lille 2, 1 de l'INSERM, 7 de l'IPL, 10 de l'IBL, 2 du CNRS et 0 du CHR.
Le questionnaire comportait 4 rubriques :
90% des réponses ont formulé une demande en bioinformatique contre respectivement 50% et 60% pour l'info de base et l'info avancée. La demande de formation en bioinfo est plus forte pour les A et C que pour les B alors que la tendance s'inverse concernant les formations en informatique.
La majorité des réponses expriment l'utilisation d'un outil informatique, particulièrement ceux autour de l'Internet et de la bureautique. Les outils bioinformatiques les plus utilisés sont ceux des sites du NCBI et d'Infobiogen et les bases de données Genbank et EMBL, BLAST étant bien-sûr fortement utilisé. Encore une fois la catégorie B n'exploite pas ces outils, ou beaucoup moins (2 fois moins).
De manière générale, on note une plus forte demande de la part des catégories A et B que de la catégorie C en ce qui concerne la formation à des outils informatiques. Cependant, globalement la demande de formation reste marginale avec souvent un taux de réponse inférieur à un tiers.
La demande est tounée autour des outils concernant l'Internet. A noter que les reponses de la catégorie A expriment vivement leur désir d'apprendre à réaliser des pages Web (>60%).
Résultats exprimés en % de réponses :
| A | B | C | Total | |||
| Info. Base | Unix | UNIX (le système, la gestion de fichiers, commandes de base, édition de texte, manipulation sous X11) | 38.46 | 42.86 | 36.36 | 38.71 |
| Unix avancée : automatisation des tâches (C-shell), extraction et manipulation de données (sed, awk) | 15.38 | 28.57 | 18.18 | 19.35 | ||
| Comm. | Courrier électronique : généralités sur l'e-mail | 7.69 | 28.57 | 9.09 | 12.90 | |
| Autres moyens de communication : listes de diffusion, groupes de news | 15.38 | 42.86 | 27.27 | 25.81 | ||
| Web : navigation sur le web, moteurs de recherche, ftp | 38.46 | 57.14 | 18.18 | 35.48 | ||
| Info avancée | Prog. gén. | Programmation (conception d'algorithmes, spécification, modularité) | 30.77 | 28.57 | 18.18 | 25.81 |
| Algorithmique (algorithmes basiques, complexité) | 23.08 | 28.57 | 9.09 | 19.35 | ||
| C | 23.08 | 14.29 | 0.00 | 12.90 | ||
| JAVA | 30.77 | 28.57 | 0.00 | 19.35 | ||
| Prog. web | HTML : réalisation de pages Web | 61.54 | 28.57 | 27.27 | 41.94 | |
| CGI, Perl : exécution de programmes à partir de pages Web | 30.77 | 14.29 | 36.36 | 29.03 |
On note une très forte demande sur la formation aux "fondements" de la bioinformatique, c'est-à-dire à la théorie et aux techniques existantes pour résoudre des problèmes : 90% des réponses ont choisi au moins un item. Viennent ensuite les demandes de formations aux bases de données puis aux outils. Cette fois c'est la catégorie B qui est moins demanderesse vis-à-vis des catégories A et C.
Les outils liés à l'analyse de répétitions, l'assemblage de contigs ou la phylogénie semblent moins intéresser les acteurs de la génopole que les autres domaines. A noter une demande annexe pour la recherche de domaines/motifs protéiques.
Une formation générale aux bases de données s'avère également intéresser la plupart des personnes ayant répondu, avec bien sûr une forte demande sur l'utilisation de BLAST et FASTA.
Contrairement à ce que nous attendions, la suite de logiciels EMBOSS semble plus intéresser que GCG. Peut-être un phénomène dû à la gratuité de EMBOSS et la possibilité à chacun d'en disposer dès maintenant. Les outils d'analyse phylogénétiques intéressent plus particulièrement la catégorie C ainsi que les logiciels d'alignement multiple.
Résultats exprimés en % de réponses :
| A | B | C | Total | |||
| Bioinfo. | Fondts. | Généralités sur l'analyse de séquences | 84.62 | 42.86 | 81.82 | 74.19 |
| Alignement multiple / Recherche de motifs | 92.31 | 28.57 | 81.82 | 74.19 | ||
| Prédiction de gènes | 53.85 | 57.14 | 63.64 | 58.06 | ||
| Assemblage de contigs | 46.15 | 28.57 | 36.36 | 38.71 | ||
| Analyse des répétitions | 30.77 | 28.57 | 27.27 | 29.03 | ||
| Prédiction de structures | 69.23 | 28.57 | 63.64 | 58.06 | ||
| Reconstruction phylogénétique | 38.46 | 14.29 | 54.55 | 38.71 | ||
| Analyse de génomes | 61.54 | 42.86 | 81.82 | 64.52 | ||
| BD | Formats des banques de données | 46.15 | 42.86 | 63.64 | 51.61 | |
| Interrogation des banques de données | 46.15 | 57.14 | 72.73 | 58.06 | ||
| BLAST et FASTA : recherche de similarités (principes et signification des scores) | 84.62 | 57.14 | 81.82 | 77.42 | ||
| Outils | EMBOSS : ensemble de programmes pour l'analyse de séquences | 69.23 | 42.86 | 63.64 | 61.29 | |
| GCG : ensemble de programmes pour l'analyse de séquences | 53.85 | 42.86 | 45.45 | 48.39 | ||
| Phylip : programmes d'analyse phylogénétique | 23.08 | 14.29 | 45.45 | 29.03 | ||
| PAUP : programmes d'analyse phylogénétique | 7.69 | 14.29 | 45.45 | 22.58 | ||
| CLUSTAL : alignement multiple | 53.85 | 14.29 | 54.55 | 45.16 | ||
| Dialign : alignement multiple | 23.08 | 14.29 | 54.55 | 32.26 |
En ce qui concerne l'informatique, une formation à Unix ainsi qu'une formation à l'ensemble des outils autour de l'Internet semble une bonne formule, avec pour le cas de l'Internet, deux formations, l'une basique et l'autre en complément plus technique.
Pour ce qui est de la bioinformatique, la majorité des thèmes abordés dans la rubrique fondements ont été choisis. Une série de formations sur ces thèmes est nécessaire. S'il paraît difficile d'en regrouper certains en une seule formation tant les thèmes abordés sont différents, il est clair qu'il y a un système de dépendance et que les thèmes doivent être abordés dans un ordre précis (formations accessibles avec prérequis).
Une double session sur les bases de données devra être envisagée, avec d'un côté une formation de base (les bases et leur contenu) et d'un autre côté une formation plus technique (comment interroger les bases).
On peut se poser la question d'une formation à certains outils. Il serait peut-être plus intéressant de penser cela en terme d'information sur, par exemple, l'ensemble des programmes mis à disposition pour résoudre un problème, leurs avantages et leurs inconvénients.